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Hola!

Gracias por vuestra ayuda, al final he conseguido solucionarlo :-)
Lo que hago es crear un hijo que lance el proceso con un system en
lugar de con un exec, cuando acaba hago un exit(0). El padre hace un
wait:

 elsif ($accio eq "accio: Arrencar"){
                    defined(my $pid2 = fork) or die "No se puede
hacer el fork: $!";
                    if ($pid2==0){
                        print"$data Arrancar\n";
                        system('/var/www/html/encoder/configuracio');
                        #print"Soy el hijo, el pid tiene que ser 0 ->
$pid2\n";
                        exit(0);
                    }
                    else{
                        wait;
                        #print"Soy el padre, el pid de mi hijo es
$pid2\n";
                    }
}

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~A~

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iQA/AwUBPBBidYbSNjHGyYdxEQJWggCfd5QSb3Hmex0yNJ7w/DGkAe47/FQAniIb
5qU7BPi9qpiNDKnJ9VzkYBvs
=1I+I
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