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Article #134

Frame Plot - Prediction High G+C Bacterial coding region

#134
From: ISHIKAWA Jun
Date: Sun, 08 Dec 1996 00:00
29 lines
2250 bytes
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                   FramePlot.pl v.0.1
             Copyright (c) 1996, ISHIKAWA Jun
  CAUTION: No warranty is made. ``USE AT YOUR OWN RISK''. 
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	http://www.nih.go.jp/~jun/cgi-bin/frameplot.pl

放線菌(Streptomyces)のゲノムは70%を越える非常に高いG+C含量を
もっているために、コドン使用に極端な偏りが生じており、トリプ
レットの3番目の塩基は80-90%以上の確立でGあるいはCになります。
この性質を逆手に取って、coding regionを予測するのがFrame
Plot Analysisです。放線菌では普通に使われるメソッドですが、
高G+Cゲノムをもつ他のバクテリアにも使えると思います。

Frame Plot Analysisのためのツールは最初M.J.Bibbらによって開
発されましたが、PC-AT互換機上でしか動作しませんでした。そこ
で、10年近く前にPC-9801とQuickBASICを用いて自作したのですが、
今回これを主にPerlを用いてWWWから利用できるものに作り替えて
みました。v.0.1というように、とりあえずの感が強いプリミティ
ブなのものですが、デバッグにおつき合い下さるという方がおられ
ましたら、忌憚のないご意見をいただきたいと思っています。

--
     石川 淳            国立予防衛生研究所
     (Jun Ishikawa)      生物活性物質部 
     jun@nih.go.jp       遺伝生化学室
     <URL:http://www.nih.go.jp/~jun/htdocs/>
Technical Details
Message-ID: <JUN.96Dec8215838@crick.nih.go.jp>
Path: arc1-ca.pugleaf.net!unknown!not-for-mail

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From: jun@nih.go.jp (ISHIKAWA Jun)
Subject: Frame Plot - Prediction High G+C Bacterial coding region
Date: 1996/12/08
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