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Article #134Frame Plot - Prediction High G+C Bacterial coding region
From: ISHIKAWA Jun
Date: Sun, 08 Dec 1996 00:00
Date: Sun, 08 Dec 1996 00:00
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FramePlot.pl v.0.1
Copyright (c) 1996, ISHIKAWA Jun
CAUTION: No warranty is made. ``USE AT YOUR OWN RISK''.
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http://www.nih.go.jp/~jun/cgi-bin/frameplot.pl
放線菌(Streptomyces)のゲノムは70%を越える非常に高いG+C含量を
もっているために、コドン使用に極端な偏りが生じており、トリプ
レットの3番目の塩基は80-90%以上の確立でGあるいはCになります。
この性質を逆手に取って、coding regionを予測するのがFrame
Plot Analysisです。放線菌では普通に使われるメソッドですが、
高G+Cゲノムをもつ他のバクテリアにも使えると思います。
Frame Plot Analysisのためのツールは最初M.J.Bibbらによって開
発されましたが、PC-AT互換機上でしか動作しませんでした。そこ
で、10年近く前にPC-9801とQuickBASICを用いて自作したのですが、
今回これを主にPerlを用いてWWWから利用できるものに作り替えて
みました。v.0.1というように、とりあえずの感が強いプリミティ
ブなのものですが、デバッグにおつき合い下さるという方がおられ
ましたら、忌憚のないご意見をいただきたいと思っています。
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石川 淳 国立予防衛生研究所
(Jun Ishikawa) 生物活性物質部
jun@nih.go.jp 遺伝生化学室
<URL:http://www.nih.go.jp/~jun/htdocs/>
Technical Details
Message-ID:
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