🚀 go-pugleaf

並列タンパク質情報解析システム「PAPIA」のご紹介

技術研究組合 新情報処理開発機構(RWCP)では、64台のパソコン(PC)を接続し
た独自開発のパソコンクラスタ上で動作する並列タンパク質情報解析システム
「PAPIA」を開発し、このほどWWWを通じて外部からも利用できるようにしまし
た。

以下のURLで、タンパク質研究向けの各種の並列解析機能が利用できます。
学術的・研究的な利用者に対して、無料で公開しています。

（英語版）   http://www.rwcp.or.jp/papia/
（日本語版） http://www.rwcp.or.jp/papia/papiaJ.html

現在利用できるサービスメニューは、以下の６種類です。

１）タンパク質類似構造の並列検索
    ペプチド鎖の一連の CA 原子座標を与えることで、類似の立体構造をもつタン
    パク質を PDB立体構造データベースの中から検索する。厳密なRMSD計算を行う。

２）タンパク質相同配列の並列検索
    タンパク質アミノ酸残基配列を与えることで、相同なアミノ酸配列をもつタン
    パク質を、PDBあるいはSwissProt の配列データの中から検索する。
    厳密なSmith-Waterman法に基づく相同性検索を行う。

３）タンパク質配列の並列マルチプルアライメント
    複数のタンパク質配列を高精度でマルチプルアライメントする。

４）タンパク質配列の並列二次構造予測
    タンパク質の二次構造を複数の方法の多数決論理により予測する。

５）DNAへの転写因子の結合部位予測 <TFSEARCH>
    DNAの塩基配列を与え、転写因子結合部位として可能性の高い部分を探索する。

６）非冗長化したタンパク質立体構造データベース <PDB-REPRDB>
    PDBの約7000のエントリーの中から、データの精度が高く、かつ互いに類似
    していない非冗長のエントリーを選び出したデータベース。

問い合わせ先：
    技術研究組合 新情報処理開発機構 並列応用つくば研究室
    〒305-0032 つくば市竹園 1-6-1 つくば三井ビル16F
    E-mail: papia@trc.rwcp.or.jp (PAPIA問合わせ専用)

----------------------------------------------------------------------------
鬼塚健太郎
技術研究組合 新情報処理開発機構 並列応用つくば研究室
〒305-0032 つくば市竹園 1-6-1 つくば三井ビル17F
EMail: onizuka@trc.rwcp.or.jp