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 ゲノムネット京都センター（京大化学研究所スーパーコンピューターラボラトリ）
 では以下に紹介する各種サービスを行なっています。これらはインターネットに
 接続されているマシンであれば、世界中どこからでも利用が可能です。


 □１  E-mailによる検索サービス

  ・ blast@genome.ad.jp   … BLASTによる相同性検索
       プログラム： blastp, blastn, blastx, tblastn, help
       対象ＤＢ：   GenBank, NewGenBank (注), NewGenBank-Today (注),
                    EMBL,  PIR,  Swiss-Prot

  ・ fasta@genome.ad.jp   … FASTAによる相同性検索
       プログラム： fasta, tfasta, help
       対象ＤＢ：   GenBank, GenBank-subdivisions, 
                    NewGenBank, NewGenBank-Today,
                    EMBL, EMBL-subdivisions,  PIR,  Swiss-Prot

  ・ dbget@genome.ad.jp   … entryまたはaccession番号による
                             データ取得、キーワードによる検索
       プログラム： get, find, help
       対象ＤＢ：   GenBank, NewGenBank, NewGenBank-Today,
                    EMBL,  PIR,  Swiss-Prot, 
                    PRF,   PDB,  PDBSTR,  OMIM

  ・ motif@genome.ad.jp   … 京大化研作成のモチーフライブラリの検索
       プログラム： list, get, help
       対象ＤＢ：   MotifDictionary (& PIR, PDB)

     1) 上記いずれの場合も、本文にhelpとだけ書いたメールを送ると、
        より詳細な利用方法が返送されます。 
     2) GenBankの内容は、各releaseとして NCBIからCD-ROMなどで配布される
        ものと同一です。最新のfixed releaseを置いています。
     3) NewGenBankの内容は、GenBankの最新のfixed release以降に登録された
        データをdaily-updateとしてNCBIから転送し、アクセッション番号に
        よって必要なエントリーの差し替えなどを行なって、non-redundantに
        再構成したものです。
     4) NewGenBank-Todayは、daily-updateによりその日のうちに届いたデータ
        を集めたものです。毎日最新データベースをチェックしたい方はこれを
        ターゲットにすることをお勧めします。
        （注意：ただし転送のタイムラグなどにより、NCBIのものとは日が
          １日ほど遅れる場合も考えられます。） 
     5) 今回紹介する各種サービスにおいて問題が生じた場合は、
        trouble@genome.ad.jp  までe-mailでご連絡ください。 


 □２  Anonymous FTPサービス
  
  ・ ftp.genome.ad.jp  (IP address: 133.3.49.24)

       インターネット（国内ではWIDE, TISN/GenomeNet, SINET, JAINなど）に
     接続されたマシンからは、FTPにより各種データベースをダウンロードする
     ことができます。
       上記アドレスにFTPで接続後、ユーザ名はanonymousとし、パスワードに
     ご自分のメールアドレスを入力して下さい。

       ディレクトリ          データベース
     --------------------------------------------------------------------
      /db/local/icr        ［京大化研作成のデータベース］
                            Amino acid index DB, Enzyme reaction DB, 他

      /db/local/prf        ［蛋白質研究奨励会作成のデータベース］
                            Fragment peptide library, Mutation data, 他

      /db/ncbi             ［米国NCBIの repositoryと同一内容］
                            TFD, NGDD, EPD, LiMB, metabolism, REBASE,
                            swiss-prot, prosite, enzyme, seqanalref, 
                            journals_toc, Eco, FlyBase, acedb, kabat,
                            aids-db, estdb, CarbBank, blocks, t4phage, 
                            ECO2DBASE, pkinases, RLDB, 他

      /db/gdb              ［GDBが提供しているデータベース, その他］
                            GDB, OMIM

      /pub/ncbi/toolbox    ［NCBIが提供しているツールキット］
                            NCBI ASN.1 Tool kit
  
     1) NCBI repositoryは週３回アップデートして、NCBIがサービスしている
        ものと同じものが維持されています。GDBとOMIMも毎週アップデートし
        てGDBがサービスしているものと同じものが維持されています。


 □３  インタラクティブな検索サービス

     お手元のマシンのスクリーンに操作画面が表示され、インタラクティブ
   （対話的）に検索操作をすすめることができます。ただしインターネットに
     よってIP接続されているマシンからのみ利用可能です。
     telnetを用いて下記のアドレスにアクセスしてください。login: に、指定
     された名称を入力するとパスワードなしで利用できます。プログラムから
     の問い合わせ事項にしたがって操作してください。 

  ・ entrez.genome.ad.jp  (IP address: 133.3.49.22)
       login名：    entrez      
       サービス：   Entrezによる配列および文献検索
       プログラム： Entrez (by NCBI)
       利用条件：   X11R4が動作する端末からloginすること。
                    利用開始時に画面を表示すべきIP addressを聞いてきます。

  ・ irx.genome.ad.jp     (IP address: 133.3.49.21)
       login名：    irx
       サービス：   IRXによるデータベース検索
       プログラム： IRX (by NLM)
       対象ＤＢ：   GenBank, EMBL, PIR, Swiss-Prot, （近日中に）PRF
       利用条件：   フルスクリーン制御が可能な端末からloginすること。



 ○付録  ゲノムネット(GenomeNet)の紹介

     ゲノムネットは国内のゲノム（＝遺伝情報の総体）研究を推進するために、
   1991年 9月から運用を開始したIP接続によるアカデミック運用ネットです。
   国内のゲノム研究諸機関の相互通信のためのインフラストラクチャを提供する
   とともに、東京都港区の東大医科研ヒトゲノム解析センター（略称ＨＧＣ）と
   京都府宇治市の京大化研スーパーコンピューターラボラトリ（略称ＳＣＬ）が
   それぞれ拠点となって、遺伝子・タンパク質・疾病・文献情報など各種の関連
   データベースの整備や、検索計算サービスの提供などを行なっています。
     現在これらの活動は、文部省科学研究費重点領域研究「ゲノム解析に伴う
   大量知識情報処理の研究」（代表者：金久）および、東京大学医科学研究所
   ヒトゲノム解析センターの支援により進められています。

     ゲノムネットは、国内の理学研究組織を結ぶネットワークであるTISNに加盟
   しておりTISNの国際リンクを通じて海外にも到達可能になっています。1992年
   の後半からは、各種ＤＢの内容をdaily または数日おきにアップデート（海外
   からの取得、およびPRFデータベース等の海外への送出）をすることにより、
   国際的に同一内容のデータベースをサービスできるようになりました。

     現在、東大理学部 ⇔ 京大化研 ⇔ 九大工学部のバックボーンが192Kbps、
   阪大細胞生体工学センター・癌研究会・蛋白質研究奨励会†が64Kbpsの速度で
   IP接続されています（†印はISDNのみ）。
     今年中にはさらに数ヶ所の研究機関が専用線あるいはISDNによるIP接続で
   ゲノムネットに参加される予定になっています。またこれらの他にTISNの参加
   組織としては、ガンセンター・岡崎国立共同研究機構・筑波の諸研究所・理研
   そして国立遺伝学研究所などの諸研究機関が接続されています。

     本年 2月には、東大医科研ヒトゲノム解析センター（ＨＧＣ）において、
   計150GBの大容量ファイルサーバや、CM-5・nCUBE2などの並列計算機も導入され、
   本格的に稼働を開始する予定です。（これに伴い、東大理学部 ⇔ 東大医科研
   ＨＧＣ間は、Ｔ１(1.5Mbps) の高速回線にて接続されます。） 今後はＨＧＣと
   京大ＳＣＬとの分業体制により、さらに本格的な研究活動および対外的な
   サービス活動が進められるものと考えております。
     今後とも国内のゲノム研究・生物学研究用のデータベース維持サイトの一つ
   として、その役割を果たしていきたいと考えています。
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 秋山  泰  (akiyama@kuicr.kyoto-u.ac.jp)
 荻原  淳  (ogi@kuicr.kyoto-u.ac.jp)    
 内山郁夫  (uchiyama@kuicr.kyoto-u.ac.jp)
                                京都大学化学研究所   生体分子情報研究部門III 
                                Phone: 0774-33-5286, FAX: 0774-32-8235