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（fj.sci.bioにも投稿しました）

バイオインフォーマティクスの専門家の皆さん
あるいは、バイオインフォーマティクスにも強い他の分野の研究者の皆さん、

農水省の下記のプロジェクトの２．３）「タンパク質の立体構造と機能の予測手法の
開発」に参画する研究機関（大学及び民間）を募集しています。大学２、民間１が予
定されています。既にいくつか候補が上がっておりますが、情報が行き渡っていない
ようなので、ここに情報を提供します。

参画を希望する研究機関は、1月６日（水）６ｐｍまでに、想定される研究課題と、
簡単な内容、提案者の最近の業績リスト（提案課題に関係する業績）を電子メールで
送ってください。

提案及び質問あて先：kenhigo@abr.affrc.go.jp

枠が決まっていますので、優れたご提案でもご要望にお答えできるとは限らないこと
を、あらかじめお断りしておきます。従って、応募の段階では秘密にしておきたいこ
とを詳細に記述する必要はありません。選考の過程では、詳しい計画をお聞きするこ
ともあります。

農水省農林水産技術会議事務局が作成し、ホームページで公開（予定）の説明は概略
以下のとおりです。（お役所的表現が若干入っております。）
-------------------ここから--------------------------------------------
プロジェクト名：「タンパク質の構造解析を利用した単離及び機能解明」（略称：プ
ロテオーム）

１．目的
　これまでＤＮＡレベルの機能解析手法により有用遺伝子の単離及び機能解明を進め
てきたところであるが、タンパク質レベルの機能解析手法はこれまで存在せず、学術
的な研究にとどまっていた。
　しかしながら、最近タンパク質の立体構造解析及び機能解明に関する研究が進展し
つつあることから、このタンパク質レベルの機能解析手法を新たに導入することによ
り、従来のＤＮＡレベルの機能解析手法では見つからない機能性物質生成関連遺伝子
等の効率的な単離・機能解明と特許化を加速する。

２．研究内容
１）タンパク質の構造・機能の網羅的解析と有用遺伝子の単離・機能解明
２）タンパク質の立体構造と機能の相関解明
（１）タンパク質の立体構造形成機構の解明及び制御
（２）タンパク質の立体構造形成と機能性発現との相関関係
３）タンパク質の立体構造と機能の予測手法の開発

３．研究期間
 平成12年度ー平成16年度
-------------------ここまで----------------------------------------------

補足の説明をします。ここで募集するのは、
３）「タンパク質の立体構造と機能の予測手法の開発」に該当する課題のみです。
研究内容としては、「タンパク質の発現状況や翻訳後修飾等の情報を活用して機能を
予測するとともに、将来的には、タンパク質の立体構造と機能の関係を応用して、機
能予測手法の一層の高度化を図る。」となっています。

以下は私（肥後）が某所に送った「素人による個人的イメージ」です。これに限定さ
れません。

　イネゲノム配列やｃＤＮＡ配列をホモロジーサーチにかけても、ヒットするのは２
０－３０％くらいです。その他の遺伝子については、まったく情報が得られません。
そこで、塩基配列から推定されるアミノ酸配列を入力すると、「何らかの解析法」に
よって、この蛋白質がどのような（生化学的な）機能を持つかを示すようなソフトが
出来ると、ありがたいです。「何らかの解析法」としては、細胞内局在性シグナルの
有無、膜蛋白質の構造を取るかどうかの推定、酵素の活性部位のモチーフの有無、リ
ン酸化サイトの有無、糖鎖結合サイトの有無などは、現在でも良く使われます。

新しい方法としては、構造生物学研究として未知蛋白質の高次構造を決定し、似た既
知構造を探し出して機能を推定するほう方法が考えられていますが、構造を決定する
のは容易ではないので、高次構造を推定する方法も考えられています。

そこで考えられる研究課題としては、
１．アミノ酸配列から（部分的）高次構造を（ドメイン単位で）推定し、似た（ドメ
インが）既知の蛋白質のどの位置にあって、何をしているかを検索し(どこから？)、
これから未知蛋白質の機能を推定する手法の開発。

２．遺伝子発現制御にかかわる転写調節因子の構造とＤＮＡ認識部位の相関関係を明
らかにし、未知転写因子（と思われる蛋白質）の結合するＤＮＡ配列を推定する手法
の開発

３．蛋白質ー蛋白質相互作用に直接的に関与する部分の構造（１次、2次、及び３
次）の解析から、未知蛋白質に結合する相手の蛋白質を推定検索する手法の開発
たとえば、（１）リン酸化される蛋白質のリン酸化酵素を特定できないか。
（２）逆に燐酸を外すフォスファターゼを特定できないか

蛋白ー蛋白相互作用は、今後のゲノム研究でも重要な分野であり、ツーハイブリッド
法などで実験的に解析するほかに、理論的なアプローチが出来ないか。

４．局在性シグナルや酵素活性部位などのアミノ酸配列モチーフの有無などのばらば
らのデータを示すのではなく、総合的に「判断」して、「これは何であるらしい」と
結論を出せるソフトの開発
等などです。「素人による個人的イメージ」終わり。

なお、年間予算は大学６００万円、民間１５００万円程度が予定されています。毎年
度の成績の評価により変動する可能性があります。5年間のプロジェクトですが、３
年目で中間評価を行ないます。成績によっては延長が認められない場合があります。

農林水産省・農業生物資源研究所・分子遺伝部
肥後健一